Народився Михайло Петрович 24 жовтня 1935 року в с. Олександрівка Літинського району Вінницької області. Випускник фізико-математичного факультету Вінницького державного педагогічного інституту ім. М. Островського (1961) за фахом фізика та основи виробництва. Учитель фізики Якушинецької дитячої виховної колонії (1961-1969), Вінницьких середніх шкіл № 15 і № 33 (1969-1992). З 1992 року працював у фізико-математичній гімназії № 17 м. Вінниця.

Учні Яковенка неодноразово перемагали на всеукраїнських олімпіадах з фізики, а 2003 року його учениця Леся Щуцька стала першою дівчинкою в історії незалежної України, яка отримала медаль Міжнародної олімпіади з фізики.

Людмила Поліщук