Тут він відчув зв’язок з космосом, тому саме неподалік Вінниці побудував свій маєток «Вишня», аптеку, лікарню, виростив сад екзотичних рослин і за 20 років тільки декілька разів покидав це благодатне місце.
Микола Пирогов відомий світові як видатний учений, геніальний хірург, анатом, творець військово-польової хірургії. Це він перший одягнув білий халат і запровадив цю традицію для медперсоналу. Саме Пирогов — автор першого атласу топографічної анатомії людини. Йому належить ідея використання анестезії при оперативних втручаннях і гіпсової пов’язки при переломах.
Але навіть після усіх своїх заслуг він був у немилості тодішньої влади, бо мав сміливість говорити правду про негаразди в армії самому царю Олександру ІІ і відправляти дружину калузького губернатора в загальну чергу пацієнтів. Лікар Пирогов лікував Гарібальді, про що той згадував у своїх «Мемуарах», та багатьох інших «селебретіс» того часу. Усе це не подобалося царю та його оточенню, тому у розквіті творчих сил 50-річний Пирогов усамітнився у своєму невеликому маєтку «Вишня» неподалік Вінниці.
Чому іменитий науковець Петербурзької академії наук обрав периферійну Вінницю – для багатьох до сьогодні залишається загадкою. Кажуть, Микола Іванович був прихильником Реріхівського руху, навіть входив до міжнародної громадської організації. Як відомо, їхня філософія грунтується на вченні про першооснови та принципи буття. Кабалісти все своє життя були у пошуку «пупів землі» — космічного центру світу. Пирогов знайшов таке місце неподалік Вінниці. Саме тут благодатна земля, де «обнуляється» енергетика. Як відомо, такої ж думки притримувався й Гітлер, тому саме під Вінницею будував свою ставку «Вервольф».
У маєтку «Вишня» лікар прожив до самої смерті, лише ненадовго виїжджав читати лекції на запрошення Петербурзького університету. Жив просто. Рано прокидався, довго прогулювався пішки, пив чай, працював у саду. До кінця життя заробляв медичною практикою, але двічі на тиждень приймав бідняків безкоштовно.
Микола Іванович помер від онкології. На четвертий день після смерті його тіло було набальзамоване доктором Д. І. Виводцевим — учнем Пирогова, який приїхав у «Вишню», щоб увіковічити свого вчителя та наставника. Вважається, що ініціатором бальзамування була дружина вченого Олександра Антонівна. Даних про спосіб бальзамування Миколи Івановича не збереглося, але ефект його був вражаючим – небіжчик став нагадувати сплячого.
Олександра Антонівна за життя сама піклувалася про порядок в усипальниці чоловіка. А перед смертю заповідала 10000 карбованців на утримання труни, церкви і школи для селянських дітей, побудованої поряд за її кошти. Але з часом поховання і церква ставали занедбаними. А під час революції 1917 року усипальницю взагалі пограбували — викрали з труни Пирогова його нагрудний хрест і шаблю. За однією із версій, це зробили прихильники масонства. Кажуть, на вкрадених речах були якісь знаки — прихований секретний код до таємних знань, які відкрили Пирогову масони. Мовляв, а звідки ж його відкриття, що значно випереджають свій час?
