Після захоплення Херсону центру архімандрит пішов на співпрацю з окупантами і місцевим гауляйтером Сальдо, якого клірик регулярно запрошував у храм для прокремлівських виступів перед вірянами. Також під час богослужінь архімандрит благословляв проведення псевдореферендуму рф щодо «приєднання» Херсонщини до складу росії. о. Олексій особисто звертався до московського патріарха Кирила з проханням включення єпархії до РПЦ.

За підтримку рашизму о. Олексію передали захоплену нерухомість у центрі Херсона і запросили у кремль для участі у «церемонії включення» тимчасово окупованих районів України до рф.

Під час звільнення Херсону він втік до Криму.