Народився 1596 року у благочестивій сім’ї молдавського воєводи Симеона Могили
Коли Петрові було одинадцять років, сім’я переїхала на західноукраїнські землі, що тоді належали Польщі. Серед місцевої шляхти, яка сповідувала католицьку віру, родина трималася Православ’я.
Петро здобув блискучу освіту. У 1625 році прийняв чернечий постриг в Києво-Печерській Лаврі.
В 1627 році був зведений у сан архімандрита Києво-Печерської Лаври. Це обрання було затверджено королівською грамотою, а за три роки прийшло і благословення Константинопольського патріарха Кирила (Лукаріса).
Багато зусиль докладав подвижник й у справі відродження монастиря. Він намагався повернути Лаврі все, що у неї відібрали за минулі роки.
Петро згуртував навколо себе освічених людей. 1631 року він відкрив на території монастиря школу. Невдовзі лаврська школа об’єдналася з Києво-Братською, що діяла при Богоявленському монастирі на Подолі. Так був створений Києво-Могилянський колегіум, який згодом перетворився на славнозвісну Академію.
Петро Могила докорінно змінив систему освіти в цьому закладі, він розширив список дисциплін, додавши богословські, філософські та гуманітарні науки, запросив найкращих викладачів і цілком забезпечив матеріальну базу.
В 1632 році при Вознесенському монастирі у Вінниці святитель Петро заснував братський колегіум, котрий проіснував до 1639 року. Достеменно відомо про три богословські труди, котрі були написані саме у вінницькому колегіумі: «Тератургіма, або чудеса, що були як у самій чудотворній Печерській церкві, так і в обох святих печерах …», «Парергон чудеса з образу Пресвятої Богородиці в Купятницькому монастирі» та «Показання Церкви істинної». Збереглися архівні документи, підписані святителем Петром (Могилою), які свідчать про особисте перебування святителя у Вінниці.
Після обрання Петра Могили Київським Митрополитом, Константинопольський патріарх Кирил (Лукаріс) прислав благословення на митрополію і наречення нового митрополита титулом «екзарха святого апостольського Константинопольського престолу».
На митрополичій кафедрі Петро Могила з новою силою розгорнув активну діяльність у церковній, освітній, будівельній сферах та книгодрукуванні. Всі його труди були спрямовані на відновлення українського Православ’я.
Під керівництвом святителя було складено перший православний Катехізис. Петро Могила відновив і прикрасив Софійський собор, який стояв у напівзруйнованому стані, провів розкопки частини Десятинного храму і на тому місці побудував невелику церкву. За розпорядженням митрополита були відновлені Трьохсвятительська церква і Спаса на Берестові, Михайлівський храм Видубицького монастиря та багато інших.
За часів митрополита Петра Київ остаточно став центром для всього православного населення не лише України, а й Польщі і Литви.
Митрополит Петро є автором твору Ліфос, або камінь (1644), в якому він захищає Православ’я від звинувачень католиків. Унікальною є ще одна праця Митрополита – Требник, або Євхологіон, укладений під керівництвом митрополита 1646 року. Також святитель Петро затвердив свято Собору усіх преподобних отців Києво-Печерських.
Згідно із заповітом, митрополита його поховали у склепі Успенської церкви Києво-Печерської Лаври.
Митрополита Петра Могилу включено до Собору Вінницьких святих.