У 438 році Константинопольський Патріарх Прокл виголосив проповідь в якій порівняв святителя Іоана Золотоустого зі святим Іоаном Хрестителем, який також проповідував покаяння і постраждав за правду. Народ, який дуже любив свого святителя, навіть не дав Патріарху договорити: було вирішено звернутися до імператора з проханням перенести мощі святителя із Коман до Константинополя. Феодосій ІІ погодився і відправив у Комани посланців зі срібною ракою, щоб із пошаною перевезти святі останки, але посланці не змогли наблизитися до місця поховання.
Тоді імператор, розкаявшись, написав послання, де просив у святителя прощення за себе і за свою матір. Листа прочитали біля гробу святителя, там же звершили всенічне бдіння. Після цього труну безперешкодно поклали до срібної раки і кораблем доставили у столицю.
27 січня 438 року увесь Константинополь, на чолі з Патріархом Проклом та імператором Феодосієм, зустрів святиню. Клірики з молитвами внесли раку у храм мучениці Ірини.
Коли Патріарх відкрив труну, тіло святого Іоана виявилося нетлінним і виточувало аромат. Добу люди молилися біла мощей святителя, а вранці їх перенесли у соборну церкву Святих Апостолів. Коли раку було поставлено на патріаршому престолі, весь народ вигукнув: «Прийми престол свій, отче!» На що святитель Іоан відкрив уста й вимовив «Мир всім!»
Із Константинополя у 1204 році мощі було вивезено хрестоносцями, котрі доправили їх у Рим. Тільки в 2004 році папа Іоан Павло ІІ повернув їх на попереднє місце.
В ризниці Свято-Вознесенського чоловічого монастиря зберігається ікона з часточкою святих мощей святителя Іоана Золотоустого.
