Народився в 1676 року в м. Заборові, неподалік Львова і був названий Михайлом. Початкову освіту здобував в різних закордонних школах та Могилянській академії. Після висвячення в сан ієромонаха був призначений викладачем риторики.

9 жовтня 1725 року, згідно указу імператриці Катерини І, архімандрит Рафаїл був висвячений в єпископа Псковського і Нарвського та призначений членом Святійшого Синоду. На новій кафедрі єпископ Рафаїл одразу ж заснував духовну школу і покликав до неї вчених із Києва.

На Київську кафедру прибув у вересні 1731 року. Піклувався про благочестя та порядок в Київській єпархії. З особливою турботою  ставився до Київської академії та монастирі ввіреної йому єпархії. Софійський монастир він оточив кам`яною стіною і збудував браму, реставрував мазепинську дзвіницю та на власні кошти придбав дзвон. Велику і особливу любов мав до Києво-Михайлівського Золотоверхого монастиря.

22 жовтня 1747 року митрополит Київський Рафаїл (Заборовський) упокоївся.