Його заарештували на початку червня 1775-го. У цей час російські війська під командуванням генерала Петра Текелія, які поверталися з турецького походу, повністю зруйнували Січ, а все майно та козацькі архіви вивезли до Петербурга. Петро Калнишевський на козацькій раді відмовився оборонятись.

Кошового разом із старшиною звинуватили у захопленні та присвоєнні чужої власності і намаганні створити незалежне управління. На нього доніс полковий старшина Павло Савицький. 1767 року він повідомив у Петербург, що Калнишевський разом з писарем Павлом Головатим погрожував у разі невиконання земельних суперечок із Новоросійською губернією на користь Запоріжжя звернутись до турецького султана з проханням взяти Січ під свою протекцію.

85-річного Петра Калнишевського вивезли до Москви. Звідти за пропозицією князя Григорія Потьомкіна його засудили до довічного заслання до Соловецького монастиря. Він прибув туди 29 липня 1776 року. Калнишевського утримували в одиночному казематі розміром 1 на 3 м без права листування і спілкування з іншими ув’язненими. Дозволяти покидати келію йому лише на Пасху, Преображення та Різдво .

Калнишевський за час ув’язнення втратив зір та перестав себе доглядати. Після амністії він за станом здоров’я залишився ченцем у монастирі. Помер на 113-му році життя 13 листопада 1803 року після 27 років неволі. Похований на головному подвір’ї Соловецького монастиря перед Преображенським собором.

Тетяна Кондратьєва