Преподобний Іона Київський народився у 1802 році на Полтавщині. Він 8 років ніс послух у преподобного Серафима Саровського. Згодом з благословення преподобного Серафима перейшов до Брянської Білобережної пустині.

1 березня 1861 року у Видубицькому урочищі старець Іона мав видіння Божої Матері у стовпі вогню, Яка повеліла йому заснувати на цьому місці монастир. На снігу залишилися сліди Пречистої. Пізніше тут було встановлено хрест.

9 березня 1862 року Пресвята Богородиця знову з’явилася старцю, і знову в саду. Через два роки тут освятили домову церкву на честь Святої Трійці, і преподобний Іона отримав наказ жити при ній.

Наприкінці ХІХ століття кількість братії Свято-Троїцького Іонинського монастиря перевищувала 450 чоловік, а число паломників щороку сягало 100 000. Найбільше славилася обитель саме своїм настоятелем — старцем Іоною. У народі монастир так і називали — Іонинським, або «монастирем отця Іони».

Старець відійшов у вічність у ніч з 8 на 9 січня 1902 року. Був похований в усипальниці під Свято-Троїцьким храмом. Коли в радянські роки обитель стояла закритою і храму загрожувала перебудова, мощі святого Іони перенесли на міське Звіринецьке кладовище, розташоване неподалік.

Після відродження монастиря мощі старця знову повернули до храмової усипальниці. Їх переклали у мармурову раку, а стару домовину преподобного з добре збереженим поховальним чернечим одягом встановили окремо у тому ж храмі.