Після дев’ятнадцяти років послуху, по смерті свого наставника, Іоан оселився в усамітненні неподалік Синайського монастиря. Там він прожив близько сорока років у молитві, пості, безмовності та духовних подвигах.
Згодом Іоан був поставлений ігуменом Синайського монастиря. На прохання ігумена

Раїфського монастиря він написав духовний твір «Ліствиця» – книгу про шлях духовного зростання людини до Бога. У ній описано тридцять ступенів духовного життя, від відречення від світу до досконалої любові.
Досягнувши похилого віку, преподобний Іоан передав керівництво монастирем своєму братові Георгію. Невдовзі після цього святий мирно відійшов до Господа.

В Свято-Вознесенському чоловічому монастирі зберігається ікона з часткою святих мощей преподобного.