У 370-371 роках його звинуватили у грошових махінаціях. Брехня, наклеп і заздрість показали Амфілохію марноту мирського життя, і, під впливом Григорія Богослова, він вирішив залишити світську кар’єру і пішов у пустельне містечко Озізала, де знаходився маєток його батька.

У 373 році, за участі Василія Великого, сталося обрання Амфілохія єпископом на Іконійську кафедру. Після хіротонії приділяв особливу увагу богословській освіті, а також активно займався організацією церковного управління та встановленням загальних дисциплінарних норм у своїй єпархії.

У 381 році брав участь у роботі Другого Вселенського Собору.

Близько 390 року головував на Соборі проти месаліян у місті Сіде (Памфілія). У 394 році брав участь у Константинопольському Соборі.

Багато років пас святитель Амфілохій довірену йому Господом Іконійську паству. Молитва праведника була настільки сміливою, що він міг вимолити у Господа зцілення душевних і тілесних недуг своїх пасомих.

Рік смерті святителя Амфілохія точно не відомий.